XLSTAT: Violin Plot dans Excel

 

Qu'est-ce qu'un violin plot?

Un violin plot est une méthode de visualisation de données, combinant les densités de probabilité de chaque variable avec son boxplot associé.

La fonction violin plot développée par XLSTAT-R fait appel à la fonction geom_violin du package ggplot2 dans R (Wickham H).

Jeu de données pour tracer un diagramme de violon dans XLSTAT-R

Les données correspondent au jeu de données Iris dans le package datasets de R. Ce fameux (Fisher's ou Anderson's jeu de données iris donnes accès aux mesures en centimètres des variables "Longueur des Sépales", "Largeur des Sépales", et "Longueur des pétales", pour respectivement 50 fleurs issues de trois espèces différentes. Les espèces sont Iris setosa, versicolor, et virginica .
Il a été publié par Fisher, R. A. (1936) The use of multiple measurements in taxonomic problems. Annals of Eugenics, 7, Part II, 179-188.

Le but est ici de comparer les distributions pour chaque variable (Longueur des sépales, largeur des sépales et longueur des pétales) en fonction des différentes espèces.

Configurer un violin plot avec XLSTAT-R

Une fois XLSTAT ouvert, sélectionnez la commande XLSTAT-R / plots / Violin plots (geom_violin) comme illustré ci-dessous :
 
La boîte de dialogue s'ouvre alors:

Dans l'onglet General, sélectionnez la plage A1:C151 da,s le champ Data ainsi que la plage D1:D151 dans le champ Subsamples .
Subsample doit être une variable qualitative et permet de ventiler les violin plot selon les modalités prises. Width contrôle à quel point les violin plot d'une même variable (pour des modalités différentes) sont proches.

Dans l'onglet Options , sélectionnez "boxplot" si vous voulez ajouter un boxplot au violin plot, ou "Dots plots" si vous voulez ajouter les points au violin plot. Activez l'option Trim si vous voulez réduire la queue du violin à l'amplitude de vos données.

Dans l'onglet Colors , Vous avez accès à deux attributs : Fill colors et Border colors .
Dans chacun de ces deux cas, vous pouvez sélectionner une palette pré définie, qui permet de colorer les violin plots par modalité, ou bien sélectionner une unique couleur pour l'ensemble.

Interprétation d'une sortie violin plot.

Le graphique produit est affiché ci-dessous:

Setosa semble avoir de plus courtes sépales, mais relativement la même largeur de sépales que les autres espèces. On peut aussi supposer que Setosa a des pétales beaucoup moins longs que les autres espèces. On peut vérifier cette hypothèse à l'aide de tests de comparaisons (t-test, comparaison de variance pour k échantillons, etc).